Hệ thống vũ khí trên tàu Hải quân Hoa Kỳ gần như hoàn toàn là tập trung vào các tên lửa. Trong vai trò tiến công, các tên lửa được chủ đích dùng để đánh các mục tiểu ở tầm xa một cách chính xác. Vì chúng là các loại vũ khí không người điều khiển nên các tên lửa được dùng để đánh các mục tiêu có hệ thống phòng không dày đặc để tránh thiệt hại nhân mạng cho các phi công. Không kích vào đất liền là nhiệm vụ của tên lửa BGM-109 Tomahawk, được phát triển đầu tiên vào thập niên 1980 và liên tục được cải tiến để tăng khả năng của chúng. Đối với nhiệm vụ tấn công chống tàu thì tên lửa Harpoon missile là vũ khí được ưa chuộng của Hải quân Hoa Kỳ. Để phòng vệ chống tên lửa địch tấn công thì Hải quân Hoa Kỳ sử dụng một số hệ thống được điều hợp bởi Hệ thống Chiến đấu Aegis. Phòng vệ tầm xa và tầm trung thì do tên lửa Standard 2 đảm trách. Chúng được phát triển từ thập niên 1980. Tên lửa Standard vừa làm vũ khí chính đặt trên tàu để chống phi cơ và cũng đang được phát triển để sử dụng phòng vệ chống tên lửa đạn đạo. Phòng vệ chống tên lửa tầm ngắn thì do Phalanx CIWS và loại tên lửa vừa được phát triển mới nhất RIM-162 Evolved Sea Sparrow. Ngoài tên lửa, Hải quân Hoa Kỳ cũng sử dụng các loại ngư lôi như Mk 46, Mk 48,Mk 50 và Mk 54 cùng nhiều loại thủy lôi.

Các phi cơ cánh cố định của Hải quân Hoa Kỳ cũng được gắn nhiều loại vũ khí như các phi cơ của Không quân Hoa Kỳ cho cả không chiến hoặc không đối đất. Không chiến được tên lửa Sidewinder tầm nhiệt và tên lửa AMRAAM có điều khiển bằng radar đảm trách cùng với đại bác M61 Vulcan khi phải không chiến tầm gần. Đối với không kích mặt đất thì các phi cơ hải quân sử dụng nhiều loại tên lửa, bom thông minh, và bom thường. Danh sách các loại tên lửa khác gồm có Maverick, SLAM-ER và JSOW. Bom thông minh gồm có JDAM điều khiển bằng hệ thống định vị toàn cầu và Paveway điều khiển bằng tia laser. Các loại không điều khiển như bom thông thường và bom chùm chiếm hết phần vũ khí còn lại được gắn trên các phi cơ cánh cố định.

Vũ khí của các phi cơ cánh quạt phần lớn tập trung cho chiến tranh chống tàu ngầm, chống tàu nổi hạng trung và nhẹ. Để chống tàu ngầm, các trực thăng sử dụng các thủy lôi Mark 46 và Mark 50. Để chống các loại tàu nhỏ, chúng sử dụng tên lửa không đối đất Hellfire và Penguin. Các trực thăng cũng dùng nhiều loại súng máy chống cá nhân gắn trên trực thăng trong đó có súng máy m60, M240, GAU-16/A, và GAU-17/A.

Vũ khí hạt nhân trong kho vũ khí của Hải quân Hoa Kỳ được khai triển trên các phi cơ và tàu ngầm tên lửa đạn đạo. Tàu ngầm lớp Ohio mang tên lửa Trident phiên bản mới nhất, có ba tầng, được phóng từ dưới mặt nước, có khả năng mang nhiều đầu đạn hạt nhân liên lục địa. Phiên bản hiện tại Trident II (D5) dự tính được đưa ra phục vụ sau năm 2020.[55] Vũ khí hạt nhân khác của Hải quân Hoa Kỳ còn có bom hạt nhân B61. Đây là một loại bom nhiệt hạch có thể được thả từ các chiến đấu cơ như F/A-18 Hornet và Super Hornet bay với vận tốc lớn từ trên độ cao lớn. Nó có thể được thả rơi tự do hay bằng dù và được kích nổ trên không hay trên mặt đất.